Alors qu'il était entrain de chasser des insectes, Nathan rencontre Whisper, une créature qui lui donne une montre qui permet de voir ses congénères, les Yo-Kai qui sont normalement invisibles aux humains. Nathan part alors à la découverte des Yo-Kai et tente de les convaincre de faire le bien autour d'eux au lieu de jouer des mauvais tours aux humains.